Fakultas Ilmu Keolahragaan Universitas Negeri Yogyakarta (FIK UNY) memiliki perjalanan hidup yang cukup panjang. Bila diibaratkan sebagai manusia, FIK UNY sudah memasuki usia paruh baya. Suatu masa yang menunjukkan kematangan jiwa dan raga. Walaupun demikian, FIK UNY masih terus mengembangkan diri dan selalu berupaya untuk menggapai prestasi.

Sejarah FIK UNY dimulai dengan Keputusan Menteri PD & K nomor 6216/B tanggal 9 Agustus 1950 tentang pendirian Akademi Pendidikan Djasmani (APD) dipimpin oleh W de Baan, dan AR. Tampenawas. Akademi ini menjadi Jurusan Pendidikan Jasmani dari bagian Pedagogik pada Fakultas Sastra, Pedagogik, dan Filsafat, Universitas Gadjah Mada pada tanggal 1 Oktober 1951. Tanggal 19 September 1955, Bagian Pedagogik Fakultas Sastra, Pedagogik, dan Filsafat UGM berubah menjadi Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) yang memiliki Bagian Pendidikan dan Pendidikan Jasmani. Fakultas Ilmu Pendidikan UGM berubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) UGM pada tanggal 1 September 1961. Tanggal 1 September 1962, Jurusan Pendidikan Jasmani FKIP UGM berkembang menjadi Fakultas Pendidikan Djasmani (FPD) UGM dengan Dekan Arma Abdoellah, M.Sc.

Fakultas Pendidikan Djasmani UGM berkembang menjadi Sekolah Tinggi Olahraga (STO) Yogyakarta dengan Ketua Arma Abdoellah, M.Sc. berdasarkan Keputusan Presiden RI nomor 23 tanggal 1963. Tanggal 22 Februari 1977, STO Yogyakarta diubah menjadi Fakultas Keguruan Ilmu Keolahragaan IKIP Yogyakarta. FKIK berganti nama menjadi Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (FPOK) pada tahun 1981.

Seiring dengan perluasaan mandate IKIP menjadi Universitas, maka IKIP Yogyakarta menjadi Universitas Negeri Yogyakarta. Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan sebagai bagian dari IKIP Yogyakarta berganti nama menjadi Fakultas Ilmu Keolahragaan UNY. Pergantian ini terjadi pada tahun 1998.